Özel Çevre Koruma bölgelerinde;

1. Özel Çevre Koruma bölgelerinin tespit ve ilanına ilişkin he türlü iş ve işlemleri yürütmek.
2. Özel Çevre Koruma bölgeleri tespit ve ilanına ilişkin kriterlerin belirlenerek, gerekli yasal düzenlemelerin yapılmasını gerçekleştirmek.
3. Habitatların ve türlerin izlenmesi ile korunması için gerekli tüm tedbirlerin alınmasına ilişkin iş ve işlemleri yürütmek ve projeler geliştirmek,
4. Kara ve su ürünleri avcılığı ile ilgili korumaya yönelik tedbirleri tespit edip ilgili kurum ve kuruluşlara bildirmek,
5. Biyolojik çeşitlilik, sosyo-ekonomik araştırma, taşıma kapasitesi belirleme, su bütçesi vb. projeleri yapmak.
6. Her türlü alıcı ortamın kirlenmeden korunması ile ilgili usul ve esasları belirleyerek;  ilgili mevzuata göre tespit edilen kirletici tesis ve faaliyetlerin takibini yapmak ve gerekli tedbirlerin alınmasını sağlamak, görüş vermek.
7. Yönetim planlarını yapmak ve uygulanmasını izlemek.
8. Her türlü araştırma, inceleme, arkeolojik kazı vb. çalışmalar ile film çekimi izin talepleri ile ÇED raporlarına görüş vermek.
9. Biyolojik çeşitliliğin ve habitatların korunması amacıyla, katı atıkların bertarafı için ilgili kurumları bilgilendirmek ve finansal destek sağlamak.
10. Habitatların rehabilitasyon ve restorasyonu ile ilgili projeler yapmak ve tür eylem planlarını oluşturmak.
11. Uluslararası sözleşme ve ulusal mevzuat ile koruma altına alınan canlı türleri ve habitatların korunması ve iklim değişikliği konularında ilgili kurum ve kuruluşlarla işbirliği yapmak, mevzuat hazırlamak, mevzuatı takip etmek, rapor düzenlemek ve görüş vermek.
12. İklim Değişikliğinin korunan alanlardaki etkilerini tespit etmek, her türlü araştırma ve inceleme faaliyetlerini yapmak, iklim değişikliyle mücadele konusunda eylem planları hazırlamak ve uygulanması için kapasite geliştirme faaliyetleri düzenlemek.
13. Deniz, göl, akarsu ve atık su arıtma tesislerinin su kalitesi izlenmesini sağlamak.
14. İklim değişikliği etkilerini tespit etmek, rehabilitasyon çalışmaları yapmak, yaptırmak.
15. İklim değişikliğine neden olan sera gazı emisyonlarını izlemek, sera gazı emisyonlarının biyolojik çeşitliliğe etkilerini izlemek, kontrol etmek ve gerekli tedbirleri almak.
16. Deniz ve kıyı alanlarının kirliliğinin giderilmesi ve korunmasına ilişkin usul ve esasları belirlemek, izlemek, uygulanmasını ve kontrolünü sağlamak.
17. Deniz ve kıyıların korunması ve sürdürülebilirliğinin sağlanması amacıyla; politikalar belirlemek.
18. Deniz ve kıyılarda kirliliğinin önlenmesi ve korunmasına ilişkin olarak ulusal ve uluslararası gelişmeleri izlemek değerlendirmek ve tedbir almak politikalar belirlemek.
19. Kirliliğin giderilmesi ve kontrolüne ilişkin eylem planları hazırlamak, usul ve esasları belirlemek, uygulanmasını ve kontrolünü sağlamak.
20. Faaliyet alanına ilişkin olarak genel müdür tarafından verilecek benzer görevleri yapmak.