Oluşturulan bölge komisyonları görev alanlarının, çalışma usul ve esasları 18.10.2011 tarih ve 28088 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren “Tabiat Varlıklarını Koruma Komisyonları Kuruluş ve Çalışma Usul ve Esaslarına Dair Yönetmelik” (Ek-2) ile belirlenmiştir.

Yargı süreci devam eden konularda; İdare Mahkemelerine intikal eden konuların görüşülmesi sonuçlanmadan komisyonlarca ele alınması yargı organının henüz kararını ortaya koymaması nedeniyle  04.03.1988 sayılı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Yüksek Kurulunun 21 sayılı İlke Kararı uyarınca uygun değildir. Ayrıca aynı İlke Kararı uyarınca; İdare Mahkemelerine intikal eden konular için ilgilisince yapılacak yeniden görüşme isteklerinin gündeme alınmasının İdare Mahkemesinin Kararını alıncaya kadar ertelenmesi, bu aşamada sadece İdare Mahkemesince istenmesi halinde tekrir-i müzakere yapılabileceği uygun bulunmaktadır. Kesinleşmiş yargı Kararlarına ise Komisyonların uyma zorunluluğu vardır.

Bölge Komisyonlarının ceza kesme yetkisi yoktur.