Ülkemizde farklı statüler altında korunan ve henüz koruma altına alınmamış özellikleri, güzellikleri pek fazla bilinmeyen mağaralar bulunmaktadır. Ülkemizdeki doğal mağaralarda Genel Müdürlüğümüzce araştırmalar yapılarak mağaraların jeolojik, ekolojik özellikleri tespit edilmektedir.
Genel Müdürlüğümüzce bu mağaraların her birinin tabiat varlığı olarak tescil edilmesi, koruma altına alınması çalışmaları aralıksız yürütülmektedir.
Bu kapsamda, mağaraların araştırılmasına yönelik farklı bölgelerde projeler yürütülmektedir. 2020 yılında Marmara, Karadeniz ve İç Anadolu Bölgelerinde yer alan 62 adet mağaranın yapısı, sahip olduğu jeolojik ve ekolojik doğal değerlerin durumu araştırılmıştır.
Eskişehir, Ankara, Trabzon, Giresun, Gümüşhane, Zonguldak, Bartın, Karabük, Düzce, Kırklareli, Tekirdağ, Edirne, Bursa ve Balıkesir illerinde yürütülen projeler kapsamında önemli jeolojik oluşumlar, farklı yarasa türleri dışında 20 farklı yeni böcek türü ve mağara ekosistemini kullanan su samuru ve vaşak tespit edilmiştir.
2020 yılında tamamlanan proje ile birlikte mağaralar hakkında Ülkemiz ve dünya için son derece önemli bilgiler elde edilmiştir. Aynı zamanda bu mağaralar koruma altına alınmaktadır.